Efter lovens § 56 kan kommunens afgørelse efter CPR-loven påklages til Økonomi- og Indenrigsministeriet. På CPR-området træffer kommunen først og fremmest afgørelser om borgernes bopælsregistrering, men bl.a. også om udlevering af oplysninger fra CPR og ældre folkeregistermateriale samt om registrering af andre oplysninger end bopælsoplysninger.

Hvor kommunerne indsætter oplysninger i CPR på grundlag af indberetninger til kommunen fra andre myndigheder, f.eks. statsforvaltningen, personregisterførere og domstole, træffes der ikke afgørelse i medfør af CPR-lovgivningen, og der kan derfor ikke klages i medfør af denne klagebestemmelse. Eventuel klage over indholdet af sådanne registreringer må derfor rettes til den myndighed, der er ansvarlig for indholdet af registreringerne, eller til denne myndigheds klageinstans. Det er en forudsætning, at der er truffet en afgørelse i forvaltningslovens forstand.

En udsendelse af et bødeforlæg, jf. CPR-lovens § 58, stk. 1, er f.eks. ikke en afgørelse. Det samme gælder kommunernes eventuelle overtrædelse af reglerne i lovens §§ 52-54. Ministeriet er således ikke et egentligt klageorgan i forhold hertil.

Endvidere bemærkes det, at hvis en borger er utilfreds med en kommunes sagsbehandling, men ikke ønsker at klage over selve afgørelsen, kan kommunens sagsbehandling heller ikke påklages særskilt til ministeriet. Dette afskærer imidlertid ikke ministeriet fra at tage stilling til kommunens sagsbehandling i forbindelse med, at en part klager over en afgørelse.

Klage efter CPR-lovens § 56 skal indgives til den kommune, som har truffet afgørelsen, da denne kommune skal genvurdere sagen, herunder med de eventuelle nye oplysninger, som er anført i klagen. Klagen skal være modtaget af kommunen senest inden 4 uger efter, at afgørelsen er meddelt (kommet frem).

Økonomi- og Indenrigsministeriet yder telefonisk generel vejledning om behandlingen af bopælssager samt forståelsen af CPR-lovgivningen, men kan i den forbindelse aldrig tage stilling til konkrete bopælssager, da borgerne derved berøves deres mulighed for at få afprøvet deres sag i to administrative instanser.